凡大学因岁月沉积，世事洗涤，风格传承，师长文化，学子成就而形成其特有之风骨。作为国内唯一取法德国教育模式传统的同济，其历经磨难，数度重生的历史及其对中国近代教育、医学及工程方面的贡献实是中华大学史绝无仅有。理清其历史对同济对中华近代大学历史都是一个交代。
德国创办并管理，战败后被停（1907——1917）
1900年前后，德国医学博士埃里希·宝隆为主的“德医公会”在德国驻上海总领事克纳佩(W. Knappa）及清上海道支持下于张家浜白克路（现上海凤阳路）创办的同济医院。
1907年10月1日，在同济医院对面创办了上海德文医学堂。1908年改名为同济德文医学堂。“同济”二字从德语“Deutsch(德意志，德国，德语）”在上海话的谐音而来，“同济”一词最早出自《孙子·九地》：“夫吴人与越人相恶也，当其同舟而济，遇风，其相救也如左右手。”校董们为学校取名“同济”，意蕴和衷共济，希望用现代医学造福人类。
1912年，同济德文医学堂增设工科，更名为“同济医工学堂”，设医、工和德文三科。
1917年第一次世界大战进入尾声，2月美国宣布与德国断交，不久对德宣战。3月17日，上海法租界以同济医工学堂是德国的产业，为防止德国人利用该校机械制造武器为由，当众宣布解散学校，并限令师生当日离校。为此，社会各界联名致电国民政府教育部，请设法对同济学生作善后安排。教育部马上派人商议，把学校迁到吴淞镇，继续开学上课。4月23日，教育部下令学堂改属华人私立学校，由华人董事会办学，直属教育部领导。同年12月，更名为私立同济医工专门学校。1922年学校正式迁往吴淞镇。
第一次涅槃，成为国立大学而不断壮大（1918至1937）
根据《宝山县志》记载：
民国6年（1917年）同济德文医学堂由华董接管，迁入吴淞中国公学。民国8年（1918年），在教育部次长袁希涛主持下，由教育部拨款，在吴淞购地150亩筹建校舍。民国11年（1921年）竣工后陆续迁入新校舍。
1924年5月20日，经国民政府教育部批准，改名为同济医工大学。因此，5月20日定为校庆日。
1927年8月，由南京国民政府教育部正式接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别更名为医学院、工学院。
1932年1月28日，集结于上海的日军进攻上海，爆发了一·二八事变。在“一·二八”事变中，日军飞机狂轰滥炸，吴淞地区许多工厂、学校毁于一旦。同济大学主要建筑如大礼堂、电气试验室、材料试验室、部分宿舍及实习工厂等被炸毁，图书、机器、标本、模型等设备损失更为严重。寒假过后，新学期无法上课。在此情况下，胡庶华校长想方设法使全校师生暂迁市区巨籁路（今巨鹿路）民生坊继续上课。同时，师生们参加抢救军民伤员，以支援十九路军与敌作战；吴淞校舍在朱家骅的帮助下，很快得以修复。
1932年8月25日，学校迁回吴淞。
1933年5月，国民党政治会议议决，将处于江湾的国立劳动大学（1932年停办）的房屋、机器、工厂等划归同济大学，创办同济大学附设高级职业学校，后奉教育部令，改称“同济大学附设高级工业职业学校”
1937年又先后增设了文、理等学院，从而成为了一所多学科的综合大学。当时的南京国民政府效仿美国的大学制度，以在每个省设立一所综合国立大学为目标。国立同济大学就是当时在上海设立的一所国立综合大学，直到1949年国立同济大学一直是上海乃至全国著名的综合大学。
国立同济大学是民国建设国立大学期间最早建立的七所国立大学之一，成为中国历史上最早的名牌大学之一。原因主要是在德国人建立和控制期间，由于继承德国大学传统，建立了完整和齐备的医学和工学，学风严谨。当时，同济大学的医科与工科学生在德国享有和德国大学毕业学生同等的待遇。同济医学院是当时中国最好医学院之一，附属的同济医院是上海最好的医院。
第二次涅槃，一路成长达鼎盛（1937至1949年）
1937年淞沪会战爆发，1937年9月1日日本空军为了清理日军前进道路，轰炸位于吴淞的国立同济大学。经营近二十年的国立同济大学校舍被日军炸为平地。
国立同济大学被迫迁往内地。于1937年9月起从上海迁至浙江金华、江西赣县、广西八步、云南昆明等地，1940年迁到四川省南溪县李庄（今四川省宜宾市翠屏区辖）。在战争期间，同济大学坚持医工救国的初衷继续发展，达到最鼎盛时期。
学校迁至江西赣州时，医学院院长德国人柏德辞职。皮肤科专家宁誉接任院长，他是同济历史上第一位任医学院院长的中国人。
在李庄时期的国立同济大学，校本部设在李庄的禹王宫。
工学院在东岳庙，工学院原有机械、电机、土木、测量四系和一个造船组。1945年，造船组改为造船系，从此，工学院就有了五个系，各系学制不一，测量系为四年；土木系为五年，1942年起改为四年；机械、电机、造船三系均为五年。工学院迁到李庄时只剩二十多部机器，以后逐步设立了测量馆、实习工厂、电工试验馆、材料实验馆、机械试验馆等，使各项实习一般均能进行。在李庄时期，担任工学院院长的，先后为倪超（1942年12月起）、薛祉（1942年起）、江鸿（1944年至1945年）。1945年，工学院学生有632人，教师有83人（其中教授27人，副教授10人），师资力量比较雄厚。为军事工业输送了大量人才。“十军工，九同济”就是由此流传。
医学院在祖师殿，在李庄期间担任医学院长的先是黄榕增，1941年5月为梁之彦，1942年2月由校长丁文渊兼，10月为阮尚丞，1944年由徐诵明兼，1945年8月为杜公振。这一时期，医学院前期在李庄建立起生理馆，解剖馆；后期在宜宾建立起病理馆，药物馆、细菌学馆、公共卫生研究馆和生物学馆。
医学院在李庄五年，毕业生共计189人。1945年时，医学院学生有304人，教师45人（其中教授13人，副教授1人）。这一时期。医学院除史图博一人是德国教授外，其他都是中国教师，多数是同济自身培养出来的。他们在艰苦的条件下，克服各种困难，奔走于宜宾、李庄之间进行教学，坚持严谨求学的同济教学传统。医学院前期主要教授基础理论课，这些课程有些是由理学院教师担任。后期大部分课程必须结合临床实习，所以后期教师均在宜宾上课，并带领学生在附属医院住院部和门诊部实习。
当时的理学院在南华宫，学院有化学、生物、数理三系。1945年，数理系分为数学系和物理系。各系学制均为四年。在李庄期间理学院院长先后为谢苍璃（1940年接任）、顾葆常（1944年）。1945年，全院有学生111人，教师44人，其中教授16人，副教授3人。生物学家童第周在理学院任生物系教授期间，还邀请了英国著名学者李约瑟博士到学校讲学。
国立同济大学于1945年在李庄增设法学院。办法学院的缘由，一是当时的国民政府急需培养法律人才；二是自十九世纪以后，德国在法律（如法理和立法）方面比较发达。当时中国各有关大学一般是介绍英、美、法及日本的法学，缺乏专门介绍德国法学的学校。
法学院于1945年12月正式开课，学制四年。因招收的学生不多，法学院就设在李庄东岳庙内的玉皇楼。
第三次涅槃，派生三个院校，成为数个院校历史的一部分
从1949年开始，同济大学就经历多次院系调整，由一所学科齐全，各系均强的综合大学变成一所土木和建设类专长的学校。
主要的院系调整有：
* 文学院和法学院
1949年9月，文学院和法学院并入复旦大学，后来又随复旦大学支援了华东政法大学、上海财经大学等学校的建设。
* 理学院
1951年理学院生物系并入华东师范大学，数学化学物理等系除了保留基本的工科教学以外，全部并给复旦大学、华东化工学院（华东理工大学）等学校。
* 医学院
1950年，为了支援湘鄂粤桂豫赣六省（中南区）医疗卫生事业，全部医学院和附属同济医院迁往湖北武汉，与武汉大学医学院合并后改名中南同济医学院和武汉同济医院。1955年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。1985年7月，武汉医学院又改名同济医科大学。现为华中科技大学同济医学院。
* 工学院
1956年，工学院测量系迁往湖北武汉，参与建设武汉测绘科技大学，现并入武汉大学。1952年工学院著名的机械系、电机系和造船系等并入交通大学，还支援了南京工学院等学校，后来一部分随交通大学西迁建设西安交通大学。1952年水利系与其他高校的水利专业在南京成立了华东水利学院，即现在的河海大学。
至此同济大学最有德国系风格并享誉中国的几大院系都调整出同济大学。为复旦大学、交通大学（西交与上交）、河海大学、华东政法大学、华东师范大学、华东理工大学、武汉测绘科技大学的院系创建作出了重大贡献。同时与第二军医大学（长征医院为同济医院旧址）、上海理工大学（为同济医工学堂旧址）、交通大学医学院（同济早期毕业生创办的同德医学院是组建之一）。而同济医学院因整体搬迁至武汉，作为同济系最早的院系也成为唯一完整保留下来的德国系风格的高等学校。
与此同时 1952年把交大、复旦、圣约翰等全国11所高校的土建系、科、组并入同济大学，形成了以土木建筑为特色的新的同济大学。
