药学院的前身为武汉医学院药学系，始建于1971年4月。药学院的发展道路比较曲折，可算是有起有落，虽然现在发展比较顺利，但是发展过程中有两个非常重要也是比较艰难的阶段。
第一个阶段就是创系初期。最初全国只有5所医学院校设立了药学专业，分别是北京医学院、上海医学院、华西医学院、沈阳药学院和南京药学院。我们是全国第二批中比较早开始筹建药学专业的高校。当时基于全国药学事业发展的需要，我校于1969年开始准备筹建药学系，经过两年的准备，1971年正式成立药学系，并从1972年开始招收药学专业学生。
药学系的发展完全是从无到有，没有师资、没有教材、缺乏资金支持。当时的师资队伍由原武汉医学院化学教研室、数理教研室、生物教研室，以及原武昌药检专科学校的部分教师组成，系主任是杨晟教授，书记是原武昌药检专科学校校长高光达。为了学习经验，培养师资，也为了教学工作做准备，系里派了几个主要学科带头人到北京医学院药学系去进修，之后我们完全按照北京医学院药学系的模式来创建学科，设置了药学专业。那时我们还开办了一个药厂也给药学系的发展提供了一定的资金支持。
第二个阶段是1977年药学系停止招生直至1984 年重新恢复招生的时期。国家那时候对医药的发展形势有些争论，学校也认为药学系成立后对医学的发展有些影响，因为把基础部的化学、物理、数学、生物都转到药学系，削弱了基础部的力量，从而影响了医学的发展。所以学校党委就决定撤销药学系，并向卫生部递交了申请报告。由于我校是卫生部部属的医学院校，所以卫生部对这个问题比较慎重，没有马上批复。
那时药学系朱景申、石朝周、曾盛德、黄明明等几位老师一起商量，写了个报告，申请不要撤销药学系，能够继续保留下来，同时保证在教学上加倍努力，来完善我们这个专业。当时杨金祥老师要和张泽生书记一起到北京出差，所以报告是委托杨老师递交给卫生部的。杨老师在火车上给张书记说明情况：“药学系老师们写了一封联名信，基本上能够代表药学系老师的意见，希望我交到卫生部去。我们只是反映群众的意见，并不是要和党委的意见对着干。从原则上我们拥护并支持党委的决定，但是从感情上我们希望不要撤销药学系。”张书记说：“群众可以和党委有些不同的意见，你们可以去反映。”
当时卫生部科技司司长陈海峰和教育司司长朱潮都是从上海医学院调去卫生部的，是杨老师母校的老领导。于是杨老师就通过这两位司长，将我们的联名信通过卫生部老部长钱信忠转交给当时的卫生部部长崔月犁。最后卫生部批了意见：“暂停招生，充实提高。”这样原来准备撤销的药学系就得以保留下来，于是从1977年开始停止了招生。这个时期对药学系的发展是个很大的挫伤。
1984年药学系恢复招生后，先后重组了药物化学、植物化学、药物分析学、生药学、药理学、药剂学等教研室和药物研究室。药学系慢慢度过了这个困难时期，之后的发展就比较平稳了。
药学系的学科优势和特色是药品研制和开发，所以在新药研制和开发上做了一些工作，也取得了一些成果和经济效益。但是也由于当时的经济观念的限制，错过了一些较好的发展机遇。
药学院在发展过程中曾经办过好几个药厂，但是都由于政策原因，没有一直坚持办下来。我们办的第一个药厂叫五七制药厂，在文革期间就成立了。最初是化学教研室的几个老师，后来还有药理教研室的老师参加。张绍武老师是药厂最初的负责人，田世雄老师主要负责技术。药厂的第一个产品就是甘草流浸膏，是一种中药。甘草的原料是从新疆阿克苏买来的，那边是原料生产地，一次要买好几吨托运回来。当时的交通非常不方便，坐火车到乌鲁木齐要三天四夜，再转长途汽车到阿克苏也要三天四夜。
后来药厂为了扩大营业额和效益，还生产过红药水、紫药水、碘酊等，之后又生产过化学原料药双氢克尿噻，这个药当时全国只有三家药厂可以生产，分别在常州、东北和武汉。通过这个产品，药厂积累了一些资金，修了学校的路和药厂的厂房，也支持了药学系的建设。
很遗憾我们办了很多药厂，但是都没有坚持办下来。我们系在产品研制方面是很好的，如果有自己的药厂来生产，不用技术转让，很多研制的新药能投入生产，就能转化成社会效益和经济效益，我们的发展也会更好。
1990年，湖北大冶酒厂濒临倒闭，他们通过湖北省民盟组织的介绍，与我院杨金祥老师联系，希望做一些产品开发，来挽救企业。杨老师通过前期沟通，觉得可行，并将此事向药学院的王为成书记和朱景申院长汇报，之后又向学校领导及校产业处报告，他们都非常支持。看准市场的需要之后，经过我们团队技术研究和产品开发，最后由同济医科大学监制了劲酒。它属于一种保健酒，可以抗疲劳、调节免疫力。目前，该厂已达到数十亿产值的规模。
这个酒的科技含量并不是很高，但是也为学校获得了几十万的监制费，同时也提高了药学院的知名度。但是研制劲酒当时还有些老同志不是很支持，认为我们是研发药的，为什么要去做酒。那个时候我们没有什么经济观念，纯粹是从帮助企业的角度出发，也没有考虑到以技术作为股份去投资。如果当时有这种意识，那么我们还可以继续合作开发后续产品，比如美容的酒等，那么现在各方面的效益也会更大。
在同济明治药厂的发展上，我们也同样失去了一些机会。1992 年，学校成立中日合作企业武汉同济明治医药有限公司（简称同济明治），厂址在黄陂，主要产品有泰乐奇口含片，小剂量阿司匹林等。这个药厂曾经是学校的名片，多位卫生部及省、市的领导都来参观过。
当时的卫生部部长陈敏章到同济明治参观时曾说过：“卫生部所管辖的医学院校里，中外合资办的药厂只有同济有，北医、上医、华西、川医、湘雅都没有。你们的产品泰乐奇口含片，效果很好，没有什么副作用，公务员是很需要的。如果要在北京推销市场，就给卫生部打个电话，我支持你们推广这个产品。”
药学院曾派过好几位老师到同济明治担任总工程师和副总工程师，为药厂提供技术上的支持和帮助。主要抓了泰乐奇口含片的生产，并推广到全国。同时还研制拟定了小剂量阿司匹林的配方，这是防治血栓病的药，很多药厂后来都生产了。
因为我们有基础而且懂产品，所以曾向学校提出希望这个企业由学校总管，
同时放权到药学院来具体分管，但是最后校党委经讨论后没有同意。由于当时学校一些政策的局限，而且我们的很多思想不够解放，缺乏经济意识。同时老师们长期从事教学科研工作，确实对产品经营方面并不精通，所以错过了很多好的发展机会。我们慢慢有这样的观念和意识后，就在药学院专门推出了一个后期转化的医药商贸专业。
学院现在发展比较顺利，专业也越来越多，学生的发展也很好。从学生的分配来看，用人单位对我们学生的评价较高，说我们的学生很顶用。很多毕业生在企业担任要职，而且很多校友都为学院的发展和建设作出了自己的贡献。
校友蔡海山（现任联邦制药国际控股有限公司董事局主席）在上世纪90年代初期捐资184万元建了联邦同济研究楼，同时参与捐资建设了一号楼、二号楼；在上世纪80年代后期开始在药学院设立了“联邦奖学金”，一年10万元，共捐助了15年，用于奖励给所有科目考试第一名的学生。校友邓霞飞（现任人福医药集团股份公司董事、副总裁）也捐资在药学院设立了“丁惟培奖学金”，今年已经是第五届了，每年奖励1万元。这些校友的回馈，不仅仅奖励了优秀的学生，他们更多的是以自己的行为起到了标杆的作用，激励了更多的学子。
（田世雄，教授，曾任药学院院长。朱景申，教授，曾任药学院院长。杨金祥，教授，曾任药剂教研室主任。王为成，曾任药学院党总支书记。）