险山恶水寻谜底
黑热病俗称“大肚子病”，流行于我国长江以北的半个中国，夺去了许多人尤其是少年儿童的生命。1933年，回国不久的姚永政在苏北清江浦（今属淮阴市）建立了黑热病研究站，查找传播黑热病的媒介。他在南京及周边地区开展了大量的调查研究，并对南京几家医院寄生虫病住院患者的性别、年龄, 发病季节及疾病的种类进行了分析，收获颇丰。
经过调查研究，姚永正发现中华白蛉体内有天然感染的黑热病原虫的鞭毛体，并在中国首次证实中华白蛉是传播黑热病的重要媒介。其后，他与助手吴征鉴继续研究，将中华白蛉胃内的黑热病原虫鞭毛体注射进地鼠的腹腔内，进行人工感染实验，获得成功，证实地鼠是黑热病的理想实验动物，为其后对黑热病原虫的保种及深入研究打下了基础。
姚永政研究中华白蛉的生活习性时，发现它们的栖息地主要在室内。他对此撰写论文，建议针对中华白蛉主要栖息在室内的这一特性，采取相应的消灭措施，为我国消灭白蛉、预防黑热病奠定了牢固的理论基础。在调查黑热病时，姚永政还发现了皮肤利什曼病，在《印度医学季刊》发表了“中国之皮肤利什曼病”一文，为我国防治皮肤利什曼病提供了清晰的依据。
1934年，第九届远东热带病学会会议在南京召开。姚永政参加了会议，并在《远东热带病学会特刊》上发表了多篇论文和调查报告，如“南京地方疟疾流行之研究”、“南京地方小学生肠寄生虫感染状况”、“各种肠寄生虫在人体中之组合”、“南京汤山肠寄生虫病调查”、“南京中华按蚊之全年观察”、“疟疾治疗的现场试验各种抗疟药疗效比较”、“巴黎绿的施用研究”等，在寄生虫学界崭露头角。同年，他成为国际联盟卫生部中国疟疾荣誉通讯委员。
1935年，云贵高原“瘴气”大规模流行，夺去了许多人的生命。姚永政自告奋勇深入云贵高原“瘴气”流行区进行调查。高原山峦重叠，道路艰险，加之匪盗出没，安全缺乏保障，但他毫不畏惧，带着吴征鉴、杨文远等几名助手，从南京出发，跋山涉水，经四川、贵州，行程两千多里，历经两个多月到达云南。他们一边行走一边调查，先后在《中华医学杂志》等刊物上发表“瘴气病之研究”、“贵州广西边区瘴气调查”等论文和调查报告，终于揭开了“瘴气”之谜，证实“瘴气”就是恶性疟。从此，人们不再迷信鬼神，按照恶性疟对“瘴气”病进行治疗，很多病人因此得救。
此后，姚永政在疫情最严重的云南省潞西市建立了疟疾防治研究所，继续深入研究“瘴气”的流行特征、“瘴气”的传播媒介按蚊的种类和生态。姚永政走遍疟区的各个地方，弄清了我国疟疾的主要媒介有微小按蚊、中华按蚊等，并发现了贵阳按蚊新种。他对数量最多、遍布全国的中华按蚊进行了研究，发现在丘陵地带的中华按蚊喜吃人血，在平原地带的中华按蚊喜吃牛血，喜吃人血的中华按蚊传播疟疾比较厉害，而喜吃牛血的中华按蚊传播疟疾次之。研究还发现，中华按蚊产出的卵面有差别，有窄卵面，有宽卵面。窄卵滋生在比较清亮的水里和丘陵地带、山区的溪水、灌溉沟水中；宽卵多滋生在稻田、池塘、水沟等地方的水中。宽卵面型的中华按蚊喜吃牛血，窄卵面型的中华按蚊喜吃人血。姚永政查明了中华按蚊是一个复杂的种团，发现中华按蚊成虫产下的卵在形态上有3种类型——宽卵型、窄卵型和中间型，成为中华按蚊种群分类的奠基人，为我国消灭疟疾打下了良好基础。
1936年，姚永政担任南京全国经济委员会中央卫生设施实验处寄生虫学系主任，主要从事寄生虫学的调查研究工作。全国经济委员会下设中央卫生设施实验处于1932年9月在南京成立，后改名为中央卫生实验院，负责创设各项卫生事业的实验与研究，为全国最高卫生技术机构。姚永政带着助手吴征鉴、杨文远等人下乡调查，在实验室查资料，不遗余力查找寄生虫的蛛丝马迹和防治寄生虫病的办法。
1937年夏，姚永政和助手到海南岛五指山调查“瘴气”和寄生虫病的病因。五指山湿热难当，山路崎岖，杂草丛生，毒蛇、旱蚂蟥出没其间，环境十分险恶。外来人没有免疫力，极易被“瘴气”夺去生命。姚永政发誓不查清病因不下山。他带领助手杨文远等人走访千家万户，观察黎族同胞的生产和生活情况，与他们进行深入细致的交谈，查找寄生虫病产生和流行的原因。姚永政发现，寄生虫病的流行与当地百姓人畜杂居、喜生食等卫生习惯有很大关系。后来，他发表了“海南岛建设中一个不可忽视之因素——卫生”一文，为海南岛的开发和寄生虫病的防治工作开拓了道路。
抗日战争爆发后，姚永政义愤填膺，和助手杨文远等人立即从海南岛回到南京，投身抗日大潮。他先被中央卫生署调派至军医署第二防疫大队，在苏州抗战前线工作。战争开始的几个月时间内，日军来势凶猛，国民党军节节败退，姚永政只好随着部队退至汉口、长沙。1938年初，南京沦陷，卫生实验院从南京搬到广西南宁，姚永政又被调派至广西南宁国联防疫团华南分团任技正，继续从事寄生虫病的调查和防治工作。
国联防疫团在对新兵进行体检时，发现一个新兵的粪便中有血吸虫卵。姚永政仔细询问那位新兵，得知其籍贯是广西省宾阳县王灵乡，且没有去过其它血吸虫病流行区。他当机立断，立即带着助手杨文远到广西省宾阳县王灵乡去开展调查，发现那里是一个血吸虫病的流行区，还在该地区发现了钉螺。姚永政将钉螺体内的尾蚴感染家兔，培养出日本血吸虫成虫。在研究中，他发现该地区的钉螺尖端呈红色，与其它地区的钉螺有些不同。后经美国螺类专家鉴定，认为这种钉螺是一个新种，并命名为“姚氏钉螺”。
1938年，姚永政代表中国政府出席了在越南河内举办的远东第10届热带病学会会议。这次他带去了4篇文章参会:“广西宾阳县血吸虫病调查”、“班氏幼丝虫在白蛉体内发育之继续研究”、“南京中华按蚊三种蚊卵之比较”、“白蛉之研究：其二，海南岛白蛉”，这些文章都被编入《第10届远东热带病学会特刊》。此外，他还在《中华医学杂志》等刊物上发表了“蒙古白蛉体内班氏幼丝虫发育之研究”、“苏北清江浦新获白蛉之研究”等大量文章。在国内外影响很大。
1938年底，沿海港口及铁路交通线均已沦陷，抗战日益危急，国民党政府迁移到重庆。为取得国际援助，国民党政府开始动工修建滇缅铁路，计划从昆明总站修至缅甸的腊戍，参加修路的劳工达30万人。铁路经过的地区，瘴疠横行，蚊叮虫咬，加上生活供应困难，许多人得了疟疾和肠胃病。为防治寄生虫病，提高修路效率，美国援助中国成立了滇缅铁路美国医务团，姚永政被派至医务团任高级医师。此时，全国经济委员会卫生设施实验室也迁至重庆，改名为中央卫生实验院。