为避开战乱，由南京国民政府教育部接管的上海同济大学医学院也于1937年开始西迁，1940年到达四川。由于工作上的关系，姚永政与同济医学院的谢毓晋和杨述祖等教授经常来往，了解颇深。1939年至1940年间，姚永政兼任国立同济大学医学院寄生虫学教授。
姚永政走遍了苏北、四川、云贵等地，发现并调查了20多种白蛉。他和吴征鉴合作，总结了我国白蛉的地域分布，编制了白蛉种别检索表，为以后的黑热病研究和防治工作打下了基础。1941年，在云南昆明的调查报告中，他们首次证实在我国存在卵形疟原虫。
1942年，滇西失守，滇缅铁路停工。姚永政回到卫生实验院任副院长。在此期间，他发现我国医务力量多集中于城市，农村缺医少药现象非常严重，特别是寄生虫病猖狂流行，仅靠治疗很难根除，必须加强预防，而预防则需要大批人员，并迫切需要提高他们的寄生虫学知识，为此，在繁忙的教学和调查研究之余，他精心编写了《人体寄生虫学教范》，并于1944年由中华医学会出版。1945年，抗日战争取得胜利时，姚永政的寄生虫研究事业正如日中天，他为中华民族的独立而感到扬眉吐气，准备再大干一场，对寄生虫穷追猛打。
1946年，姚永政获得美国洛克菲勒基金会的资助，再次赴美国霍普金斯大学公共卫生学院寄生虫学系和美国国立卫生研究院热带病学系进修，研究寄生虫学。这次出国历时两年，使姚永政有机会到美国各医学院观摩人体寄生虫学的教学，学习国际先进的人体寄生虫学前沿理论和技术。
1947年，经霍普金斯大学公共卫生学院寄生虫学系高德教授的推荐，姚永政被选为国际荣誉科学社（Society of the Sigma xi）正式会员，并获荣誉证书,被授予金钥匙。1948年春，姚永政回国，继续在南京卫生部从事寄生虫学调查研究工作。
教书育人遂平生
当姚永政由美国霍普金斯大学结束进修回到南京时，国民党政府正濒于崩溃，各机关纷纷撤往台湾。1948年6月，当时中央卫生实验院院长朱章赓要姚永政携家眷去台湾。姚永政早就看不惯国民党政府和军队中的腐败现象，对共产党越来越有好感。虽然时任中央卫生实验院副院长，职位很高，但他打心眼里不喜欢做行政工作，他最喜欢的工作是做科研和教学。几十年来，他总是渴望有一个和平安静的环境，专心从事寄生虫学研究，培养一批寄生虫学研究人才，早日消灭寄生虫病，造福人类，因此，他毅然拒绝朱章赓的安排，并辞去中央卫生实验院副院长和寄生虫学系主任两项职务。时任上海同济大学医学院院长的谢毓晋教授和杨述祖教授得知姚永政辞职的消息后，一起去邀请他到同济大学医学院工作。姚永政欣然接受老朋友的邀请，于1948年7月来到同济医学院基础医学部工作。同济医学院原无寄生虫学课，姚永政过来后，立即着手开设了寄生虫学课程，并创办了寄生虫学馆，他担任寄生虫学馆第一任主任。
1949年，上海解放。新中国兴利除弊，欣欣向荣，姚永政和同济医学院的师生万分高兴。姚永政精通英文，阅读了许多国内外寄生虫学书籍和刊物，因此无论是从事教学还是科研都如鱼得水，以至于常常废寝忘食，他的助手和学生们也深受触动。
在当时的医学院，学生们很喜欢上姚永政的寄生虫学课。尽管这门课他讲了无数遍，但每次讲课前他还是精心准备。头天晚上一定进行充分的备课，写好提纲，甚至于每一节课，第一句怎么讲，最后一句怎么讲，和下一节课怎样衔接都要慎重考虑。他讲课条理清楚，由浅入深，重点突出，富启发性，深受学生欢迎，教学效果很好。有一次，圣约翰大学医学院院长倪葆春邀请姚永政去圣约翰大学医学院为新生讲课，结果该院高年级学生听说后也跑去旁听。
1950年8月，姚永政作为代表出席了在北京召开的第一次全国卫生工作会议。会议提出“面向工农兵”、“预防为主”、“团结中西医”为新中国卫生工作的三大方针。姚永政高度赞同新中国的卫生工作方针，并积极响应。回到武汉后，他结合自己长期调研积累的经验和国内外前沿资料，编写了《黑热病》和《姜片虫》两本通俗卫生书。这两本书于1951年由华东人民出版社出版，对人民群众掌握寄生虫知识，消灭寄生虫病起到了积极作用。
新中国成立初期，上海市郊流行血吸虫病。北方来的解放军进行游泳训练，接触疫水，大批官兵感染了血吸虫病。1951年1月，上海市抽调医务人员成立了血防大队，由同济医学院邵炳扬教授任大队长。同济医学院师生200多人组成第二中队，下设4个分队，开赴江苏太仓开展工作。姚永政和助手魏德祥、许先典等人都参加了血防工作。作为寄生虫教研室负责人的姚永政担任诊断组副组长。当时治疗血吸虫病用的是锑剂静脉注射20天疗法，一个疗程是20针，毒性大，对病人伤害很大。后来，血防大队专家经过临床观察探索出时间短、毒性低的3天疗法，不仅保证了治疗效果，缩短了治疗时间，而且减少了病人的痛苦，使血吸虫病的治疗工作阔步推进。姚永政和其它专家们加班加点，努力工作，到当年4月初，血吸虫病得到了有效防治，同济医学院因此受到解放军嘉奖。