2006年5月，同济医学院决定《医学与社会》杂志交由医管院管理，两名编辑人员转入学院。
2008年5月，学院党政领导班子换届调整。张亮任院长，方鹏骞、冯占春任副院长；黄世建任党总支书记，周利峰任党总支副书记；谢柏清任调研员；李道苹因年龄原因不再担任学院领导职务。为适应学院发展的需要，学院行政组织、教学组织、研究机构进行相应建设和调整。恢复卫生管理系和医药信息管理系，新组建4个研究中心，即“华中科技大学基本医疗保障研究中心”“农村卫生发展研究中心”“医院管理与发展研究中心”“健康信息资源研究中心”。形成“两系、四中心”的矩阵式管理结构，建立新型运行机制，学院开始二次创业。
二、学科建设与发展
学科是学院的立足之本。学科发展水平是学院地位的主要标志。学院建立以来，院领导班子充分利用建院这一有利于发展和展示的机遇，高度重视学科建设，把学科建设视为学院建设的“生命线”。院长主抓全院学科建设工作，并实行院长、系主任负责制，系主任为各学科的责任人，确立学科建设在学院各项建设中的主导地位，将学科建设列入学院和各系年度目标任务，作为年度考核的最重要内容，努力创造良好的、有利于学科建设的环境和氛围，形成层层抓学科建设的格局。
1.学科凝练与整合
学院依托长期的学科积淀，在几个有可能突破的学科研究方向上整合发展，并集中有限的人力、财力、物力进行系统建设，通过若干个一流的研究方向带动学院学科群平台的发展。学院本着“有所为，有所不为”的原则，在与有关专家、教授进行充分论证的基础上，从卫生管理的7个学科方向中，提炼形成3个在国内较有影响的学科方向；在医药信息学科中，从原有图书情报学科方向调整为以信息管理为主要学科方向。大胆地将两门公共基础课程(学科)调整到相应院系。学院在“十五”总体发展规划中提出：在全面推进学科建设的同时，突出重点发展方向，建设在国内有影响的“品牌”学科，形成自己的优势和特色，着眼于学科建设的国际化发展需要，把握未来社会和科学发展的方向。在理性分析和实践探索的基础上，形成独具特色的学科建设发展规划，力争近年在优势特色方面实现重点突破。
2.师资培养与梯队建设
学科人才队伍建设是学科建设的核心。建院以来学院一直注重抓好学科人才梯队建设,采取“培养一批、稳定一批、吸引一批”的方式建设教师队伍。鼓励和资助中青年教师在职攻读高一级学位，同时还面向社会聘请海内外优秀学者、专家和杰出管理人才来院兼职。2001年以来，学院引进博士生3人，硕士生12人，21名教师在职攻读博士学位，50人次教师参加国内外学术活动。另外，还有20人次先后通过国家出国留学基金委、世界卫生组织、卫生部等机构资助，分别到美国、澳大利亚、马来西亚、加拿大、英国、德国、日本、新西兰、中国香港、中国台湾等国家和地区进行短期访问和进修学习。1名教师到美国斯坦福大学卫生政策研究中心做博士后访问学者。
学院经过7年的建设和发展，已形成47人的专(兼)职教师队伍。其中教授10人，副教授13人，兼职教授10人。兼职教授均为卫生管理和医学信息领域的高级专家。教师队伍中具有博士学位人员的比例达51.35%(建院之初为0)，导师队伍由2000年的4人发展到38人，其中博士生导师10人(兼职4人)，硕士生导师28人(兼职6人)，教育部新世纪人才1人，卫生部中央级项目专家10人。教师队伍的职称结构、学历结构、年龄结构、学缘结构逐渐趋于合理，人才队伍整体水平大幅提高。
3.学位点与重点学科建设
一流学科是以高级别学位点、重点学科以及学科重点基地为标志。在这些标志中学位点是基础，是一个学院的制高点和辐射源。学院成立以来，院领导班子就始终把学位点建设视为学科建设的重中之重，并多次召开专门会议研究学位点建设申报工作。分别成立了博士、硕士学位点及重点学科申报小组，负责申报方案、材料组织、走访专家、协调关系等项工作。多次召开专门会议，组织有关专家教授认真分析失利原因，总结以往申报经验，确定新的申报方案。努力争取申报材料重点突出，特色明显，数据真实、准确。在“打破院系、联合优势、集中申报”的工作思路指导下，实现了与公共管理学院、公共卫生学院、同济医院、图书馆等校内所有相关学科的大联合，为申报成功奠定了坚实基础。在学校的统一部署和具体指导下，经过不懈努力，2003年社会医学与卫生事业管理博士点和情报学硕士点的建点工作获得批准，2004年正式对外招生。2006年协同公共管理学院成功申报公共管理一级学科博士点，2008年建成省级重点学科。社会医学与卫生事业管理学科地位居国内前列。《中国大学评价》从2005—2007年连续3年将我校该学科评为A++，排名第二。
4.软科学教研基地建设
为加快学科建设步伐，搭建广阔教研平台。2002年，在同济医学院党政领导和深圳市卫生局、深圳市福田区政府和卫生局的直接关心与支持下，学院与深圳市福田区卫生局在双方广泛合作的基础上经多次协商，在我国改革开放的窗口——深圳，建成首家“华中科技大学同济医学院深圳医药卫生管理教学科研基地”，基地设在深圳市福田区医药职业技术培训中心，并于11月6日正式挂牌。教学科研基地的建立，对于探索医药卫生管理教学与科研模式，推进医药卫生管理专业教学改革，更新教学内容，发挥了积极的作用，也为卫生政策的研究与制定提供了必要的试验条件。