安顺是贵州省的一个山城，穷乡僻壤。早在桂林时，学校的工程师就奉命指挥安顺的十几位泥水木匠将一座废弃的兵营改建为教学大楼。师生到达后，教学生活得到安顿。军医学校教授队伍堪称优秀，如外科教官于少卿（兼教务处长）、外科教官梁舒文、内科教官杨济时、内科教官兼附属医院院长张静吾、眼科教官陈任、病理教官孔锡鲲、口腔教官张锡泽、骨科兼任教官屠开元、解剖教官张岩、组织胚胎教官陈伯康、军队卫生教官江世澄、药理教官邢文嵘、生化教官兼陆军营养研究所所长万昕、药科主任兼药品制造研究所所长张鹏翀、 细菌学系主任兼血清疫苗制造所所长李振翩等。雄厚的师资力量吸引了各地大批青年学子报考，也得到当地士绅们交口称誉，认为穷乡僻壤之地有如此众多的专家聚集，在贵州历史上绝无仅有。众士绅积极集资建成军医学堂附属教学医院，既让学生有实习之地，也让当地民众得到科学的治疗。军医学校学生人数达到上千人，除设大学部（医科5年，药科4年，牙科3年）之外，还设专科部、军医专修科、军医预备团等，以满足前线抗日战争之急需。陈任当时任眼科主任教官，全面主持全校学生的眼科课堂教学与临床实习，以及附属医院的眼科诊疗，培养青年学生和助教，其中一些青年之后成为了全国著名的眼科专家，如浙江医学院眼科教授吴燮灿，解放军广州陆军总医院眼科主任许尚贤，河南医学院眼科教授马镇西，河北医科大学眼科教授刘英奇，解放军二军大眼科教授李玉纯等都是出自军医学堂。此外，陈任还担任过附属医院门诊部主任、医务主任、护士训练班主任等行政职务。安顺的生活条件远不能与上海比，经济窘迫时陈任只得将上海带来的德文眼科书出售给学校图书馆，他的夫人周令法在城市优越环境中长大，此时也不得不带着出生不久的儿子，与其他教官夫人一起到城门口设摊，出售家中生活用品，换取食品。艰苦的生活并未使陈任退而却步，更没有考虑离开军医学校，而是一心一意投身于军医学校工作。针对军医学校的建设问题，诸位教官在校务会议上积极建言，常因观点不同而争得面红耳赤。陈任也是其中一位，同人送其 “小钢炮” 外号。当时同被戏称为炮手者还有于少卿、张静吾、万昕、张锡泽等，合称军医学堂“五大炮手”。
军医学校为加强与前方部队军医的联系，从1940年开始，多次组织“战地医务考察团”，到湘粤前线实地考察，并指导部队医务卫生的改进。以医务处长于少卿担任团长，团员有陈任（眼科）、万昕（军队营养）、江世澄（军队卫生）等。他们向部队军医举行学术讲座并召开专业座谈会，详细说明改善部队医疗卫生应该注意的方面。例如针对因营养不良而致夜盲，考察团提出降低米与面粉的精白度的建议，并规定部队的最低营养素标准；由斑疹伤寒的流行而指导灭蚤及环境卫生；外伤溃疡久而不愈，考察团提出治疗的严格消毒问题，并具体指导。陈任也针对部队中砂眼和其他眼传染病流行，提出了可行的预防措施，如消毒、切断传染途径、不共用脸盆等，并且对眼病的治疗进行了指导。考察团的工作受到战区首长和广大军医的热烈欢迎。在视察过程中，陈任也目睹了国民党军队的腐化现象，看到部队疾病流行以及士兵受到的非人待遇。他曾发表一篇论文——《军队中脓漏眼的流行》，文中记述淋病眼在部队中流行，一团之众百余人变成瞎子，竟被弃于街头。陈任也看到当地少数民族缺医少药，有病得不到治疗，曾向上级建议发动乡村巡回诊疗，为苗民服务，但未能如愿。
陈任在军医学校工作后期，不幸身染重病。他去前线考察，染斑疹伤寒。痊愈后又感染肺结核，咯血病倒，并发喉头炎，只能卧床休息。幸得妻子不辞辛劳，悉心照料，身体得以逐步康复。军医学校教育长和同仁们也时常探望他，并在物力困难的情况下供应牛奶和美国奶粉。陈任稍得恢复，即在病榻上进行社会医学的研究与写作。他在病榻上写完了《医学管理大要》和《医事建设方案》两书的初稿，书中以德国公共卫生制度以及“苏联的保健事业”等为参考，结合陶行知的“生活教育”原则，提出了“中国公医制度”、“中国医学教育改造”、“治疗与预防一致性”等设想，以期引起社会对我国实现公医制度的重视，改变“重治病，轻防治”的认识误区。但在当时条件下，他的设想没有条件实现。在病中他又读了赵超构的《延安一月》一书，对中国共产党开始有了新的认识，他希望有朝一日，理想能够实现。
1945年8月，日本军国主义投降。1946年春天，军医学校复员，陈任夫妇携次子回上海家。由安顺搭卡车（陈任得到照顾，坐司机旁边，其余人则坐车厢板凳）到香港，再从香港乘轮船到上海。此时他在上海的母亲已近七旬高龄，身体健康。全家历经艰辛，终于团圆。