丁文渊担任同济大学校长并兼医学院院长后，任命谢毓晋为医学院前期主任，陈任为医学院后期主任、中美医院的医务主任，以后又担任副院长，协助林竟成院长工作。实际上陈任并不想担任行政工作，他的妻子和亲属也不想他卷入是非。丁文渊亲自到陈任家中，以复兴同济的目标游说，得到陈任共鸣。陈任对于科学管理医院曾作过研究，抗战卧病时也曾写过有关著作，有一系列改进医院管理的想法。但在旧体制下，管理工作往往与政治斗争和人事关系密不可分。而陈任不善此道，想法天真，不知不觉之中也得罪了人，引起误解。其中有一件事是裘法祖医师来同济后，先是被聘为骨科主任，但医学院有意聘他担任外科主任。当时的外科主任是一位教授，也是德国留学生，在军医学堂是陈任的同事和好友。当日军攻陷独山时，军医学堂撤退，慌乱中陈任不知所措，铺盖也不会打。该教官帮他把行李整理好，并且把陈任痛骂一顿（自此以后陈任的铺盖打的非常正规，他经常以这个故事教育子女）。抗战胜利后该教授夫妇暂时找不到合适房子，就住在陈任家中。学校决定聘请裘法祖担任外科主任后，不便向这位教授直接挑明，陈任竟然出面找他谈话，劝他辞去外科主任一职。他感到不快，就此断交。事后陈任的夫人怪陈任不知人情世故，为一件与己无关的事情失去了老友。但陈任认为只要对同济发展事业有利，得罪了老朋友也是不得已之举。幸而这位先生又在上海另一家医学院得到职位，解放后也被评为三级教授。
新中国成立后，陈任对中国共产党的成就非常敬佩，在参加了上海高教系统的学习班后，认为自己的人生进入了一个新的阶段，即为人民服务的阶段。当时中南地区为了加强卫生事业的需要，向政务院请求将上海的一所医学院校包括附属医院迁到武汉。华东军政委员会决定将同济大学医学院及附属中美医院迁汉。1950年，时任中南卫生部副部长齐仲桓来上海向同济大学医学院的师生作报告，提出将同济大学医学院搬迁汉口，与当地的武汉大学医学院合并，构建新校舍，成立一个新的医学院，成为中南地区的医疗诊治中心。陈任听了报告以后，心情非常兴奋。他在《自述》一文中回忆，认为他一直梦寐以求的“公医制度”和“医疗保障”的理想医事社会将会实现，他对中国共产党寄以厚望，并愿为之奋斗努力。同年11月，他再次告别母亲和上海，携妻子与子女来到武汉。从此陈任在武汉定居43年，直至去世。他把自己一生最好的岁月献给了武汉和湖北人民，献给了他的母校，他理想之所在。
陈任到汉口后，先在协和医院担任眼科主任。协和医院原是英国的一家教会医院，后来与武汉大学医学院合作，成为武大的教学医院。1950年前，协和医院并无独立眼科，眼科病人由外科的眼耳鼻喉科处理。1951年冬陈任出任眼科主任，眼科自此成为独立科目。另外一位从上海同济医院来的钱元赞医师也参加了协和医院眼科工作，1955年，吉民生教授也来协和眼科工作，正式成立“眼科教研组”，由陈任任主任，吉民生任副主任，自此协和医院的眼科有了很大发展。
除担任协和医院眼科主任外，陈任又参加了中南同济医学院的建校工作。为了指导并协调中南同济医学建校事宜，1951年冬中南同济医学院建校委员会成立，委员会由中南军政委员会卫生部牵头，主任委员为孙仪之（中南军政委员会卫生部长，后调任解放军总后卫生部长），副主任委员齐仲桓（中南军政委员会卫生部副部长），委员中有中南军政委员会有关部门的领导成员。医学院方面有同济大学医学院和武大医学院3人、协和医院1人为委员(以后又扩大为24人)，设秘书处为日常办事机构。迁校工作任务十分艰巨。中南军政委员会划拨汉口航空路华商跑马场旧址为建校新址，这片土地约420亩，但当时除了一座看台，到处是一片农田。建校委员会规划到1954年，建成8馆6科、医院大楼、员工学生宿舍等36万平方米建筑，计划1955年上海同济医学院全部迁汉，搬入新大楼。陈任作为建校委员之一，又担任秘书处副主任，作为办事机构的负责人，要将委员会的建校意图具体和工程设计施工部门商量落实，工作十分繁忙，委员会任命医学院刘永年工程师为工程组长，具体负责基建，陈任与刘工程师经常讨论工作到深夜。据陈任亲属回忆，陈任暑假探亲回上海，刚踏进家门，刘工程师电报已先期而至，询问有关事宜。之后成立工程处，由林竟成教授兼主任，接管秘书处未了工作。建校委员会又任命陈任为副教务长，协助李赋京教务长工作。安排课程也是煞费苦心，学生和教授分散汉、沪两地。作为教务方面负责人，要一门一门地落实学年中课程的安排（眼科课程由陈任自己担任）。每年暑假陈任来上海探亲之余，要一一拜访同济医院的教授，与他们商定去武汉授课时间的安排，并向同仁们报告武汉方面建校进展，希望教授们早日迁汉，用心诚为良苦。实际上有相当一部分员工是不愿意去汉口的，所以他们千方百计利用各种机会留在上海。有一位外科医师答应出国参加足球比赛后马上到汉口去，陈任很是高兴，回家后向家人称赞一番，说某某人也答应去汉口了。但后来这位医师还是留在了上海。同济迁校一事已成历史，是非得失各有评说，但此事本身也是形势使然，政府的决定。陈任苦口婆心劝同仁去汉口，无非也是为同济保留人才之意。他在迁校和建校过程中付出很大心血，确是不争的事实。