1944年6月，日军攻至黔桂，国民党反动军队不战而退，沿途大量难民患痢疾，老人及儿童死亡很多，救护队沿途为难民进行医疗预防工作。特别是在难民云集的广西金城江，环境特别恶劣，敌机轰炸，火药库爆炸，大雨水涨，满地粪便污泥苍蝇蛆集、胃肠病流行，有如人间地狱情况下，救护队仍坚持工作。当时国民党腐败无能，消极抗日，积极反共，军事上节节败退，人民流离失所，引起人民群众的愤怒，也为林竟成和广大医务人员深深不满。
抗战期间，林竟成撰写了多篇战地通讯，如刊于中国红十字会救护总队部《救护通讯》上的《第九大队与四次湘北会战》、《我们的老爷车的故事》和《湘桂前线通讯——别了大溶江》等。其中在《湘桂前线通讯——别了大溶江》一文中，他这样评价自己的工作：“际此国家之急，民族大劫之秋，岂敢谓劳？岂敢谓苦？只求为国家，为团体，为本位工作，多尽点心力。在这一路之中，我们目击心伤的正是湘桂两省流亡的数十万难胞，沿途医药缺乏，疾病死亡的不知凡几？此状至惨！我们在任何一次战役中所不经见的最严重难胞的安置和疏散问题，今天竟成一幅流亡图押运在我们的面前了，我们怎可以见事不救呢？我们的工作，目前除了救护前线伤兵以外，更应该积极肩起救济难胞的担子。说句伤心话，这些摆在我们面前的问题，只要我们有良心肯负责总可以尽到相当的力量区完成，而且，是直接有利于抗战大局的。”
1945年5月，林竟成以抗战时期投身于战地救护的劳绩，荣膺行政院颁发的“非常时期人民荣誉奖状”。
1945年8月，八年抗战胜利了，中国虽然没有亡国，但也并没有真正得到拯救。在参加抗战中，林竟成与国民党军医系统紧紧连结在一起。1946年1月，他被任命为重庆陆军总医院院长。在重庆，林竟成亲眼看见毛泽东主席前来参加和平谈判，对毛泽东革命领袖的大无畏精神非常敬佩，也加深了对中国共产党的认识。这一时期，在重庆的美军非常嚣张，经常带着所谓“吉普女郎”招摇过市，在北京还发生了北大女生被强奸的事件，使美军在百姓中口碑很坏，民族自尊心也让林竟成对此非常反感。在重庆担任院长期间，使林竟成受到无数事实的教育，进一步看清了国民党的腐朽本质。抗战八年，民穷财尽，满目疮痍，而国民党大员贪污腐化，发国难财的大有人在，他们派系林立，争名于朝，争利于市，战争创伤，无人过问，国不成国，民不堪命，中国的国际地位也江河日下。这一切都使林竟成渐渐产生了对国民党治国能力的怀疑。
拒往台湾 坚守上海
1946年7月，林竟成参加了军医署考选留美进修，考取后于当年8月赴美国休斯敦军医中心和旧金山拉特曼总医院分别进修公共卫生和医院管理。当时美国的繁华世界令林竟成大开眼界，但他也发现美国人优越感很强，瞧不起黑人，更瞧不起中国人，民族自尊心又一次受到严重损害。当时在纽约，林竟成曾托同事叶天星购得英文本《中国之雷鸣》，开始认识到中国没有一次彻底的革命变革是得不到拯救的，他希望有个光明的新中国并寄希望于中国共产党。从此他对共产党有了向往。他和同学或同事谈论国事时常维护共产党，称赞苏联，以致被他们讥笑为“亲共分子”。当时国民党正在积极发动反共反人民的内战，林竟成决定辞去当时重庆陆军医院院长职务作为摆脱国民党的一个步骤。
1947年8月，林竟成回国，被任命为上海国民党联勤第二总医院（今第二军医大学附属长海医院）副院长，并拟兼任国防医学院第四组组长，他拒绝了这个职务。当时他和很多同事都向往和平，看到国民党反动派当时从事内战，内心非常彷徨，故急欲摆脱国防医学院，转入地方医疗机构。1948年，国民党已开始溃败，他的老上级、时任国防医学院长林可胜数次要林竟成去台湾任职，他不为所动，并决定与国民党彻底决裂。正在此时，从宜宾迁回上海的同济大学医学院刚从中美合作所手中要回了原本属于学校的宝隆医院（时称中美医院），百废待兴。当年10月，经同事王辨明介绍，应医学院院长谢毓缙和同济大学校长丁文渊的邀请，林竟成受聘到同济大学医学院，任公共卫生学教授兼附属中美医院（同济医院）院长。
此时，林竟成不仅对个人去留问题态度坚决，而且认为国防医学院的教官和上海国民党联勤第二总医院的医生等也不能再跟着国民党走进死胡同。他觉得这些人都有专业知识和经验，而且都有共同的认识和愿望，对新中国总会有用的。所以林竟成利用自己与他们的关系和影响，想把这些人留下来，就采取了几个步骤。当时国防医学院迁往台湾，派教官林寿梧去台湾打前站，林竟成出主意叫林寿梧称病拒绝。他与国防医学院的一些教官一道反对迁台湾，并积极介绍国防医学院的一批教官到同济大学医学院和附属医院工作。当时林可胜要上海国民党联勤第二总医院迁台湾，白崇禧则电令迁柳州。林竟成曾办劝国民党联勤第二总医院院长王士成说国民党没有前途，对林、白双方都拒不受命，留上海，待解放。解放后，王士成曾在办公室对大家说：“幸亏竟成兄有远见，劝我把总医院留在上海，等待解放。”
林竟成的大儿子林颐祥当时在国防医学院肆业，蒋介石要把这批学生搞到台湾，他与全体学生一起在军队监视之下被押往台湾，林竟成就叮嘱林颐祥要想方设法的回大陆来。后来，林颐祥果然从台湾回到大陆。
上海解放前夕，张涤生教授曾介绍地下党员与林竟成接触，并请林竟成收集一些上海市卫生机构（包括医院）的情况。林竟成和林寿梧就收集了上海市各医药卫生机构的情况，由林寿梧抄写好后由地下党组织来中美医院取走。国防医学院教授叶天星（后为解放军第二军医大学一级教授）曾回忆说：“国防医学院迁台时，林竟成联络、鼓励和安排我们很多人留在上海，抗拒去台湾，并帮助我将国防医学院大批物资藏在上海联勤第二总医院内，留待上海解放时交给人民解放军。在林竟成影响下，尽管国民党要员台上动员，台下攻心，20多位正副教授无一去台。”