立足同济 屡立新功
林竟成到任同济大学附属中美医院院长后，第一件事就是裁汰冗员。当时医院人浮于事，200张床位的医院，行政人员竟有80人之多。林竟成不问背景一律解职，根据需要重新聘任，只留下40余人。与此同步进行的是为医院延揽人才 ，扩充医疗、教学队伍。林竟成打破门户之见，四处奔波、坦诚相邀，从当时的国防医学院请来了陶桓乐、王辩明、荣独山、屠开元、张涤生、叶天星、蔡宏道，从上海其他医院请来了黄家驷、于光元、李宝实等担任专、兼职教授。这些专家分别在德国、英国、美国、奥地利、日本等国家获得博士学位，遍及内、外、五官、放射等各个专科，在中国医坛负有盛名，建国后，他们大多数成为为国家一、二级教授或两院院士。他们当年所制订教学医院的办院目标是：一、完美的旅馆与服务，使病人身心舒适；二、完善的医疗业务；三、良好的教育及训练；四、发展公共卫生及保健工作；五、适宜的研究工作。这些在今天看来，仍然是很有见地。
这一时期，医院人才荟萃，盛极一时，誉满申城，有“北有协和，南有同济”之称。林竟成极力推进医院改革，为培养青年业务骨干，首次在同济医院内、外、肺科实行住院总医师制，这批人员后来皆成为中国医学界知名专家；在我国率先将预防医学引进医院，成立预防保健科；参照欧美等国现代医院管理经验，建立人员及医事管理制度，选送人员学习病案管理，聘请留美专家管理后勤。医院快速发展，面貌大变，医院病床增至300张，每月门诊2000人次，病床利用率达到95%以上。医院规模、医院管理水平和医疗质量均上新的台阶，远远超过了德国人主办的宝隆医院的规模和水平。林竟成学生时代在宝隆医院实习，看到有些外国医师治疗中国病人态度粗暴，对学生动辄训斥，甚至不负责任，誓言“有朝一日我当上这个医院院长，一定把它办得好过外国人”。当誓言变为现实，颇感扬眉吐气。
“一唱雄鸡天下白”，1949年5月，上海解放。林竟成看到人民解放军纪律严明，对人民态度友善，与国民党的军队有天壤之别，深受感动，他主动热情地配合地下党接管同济医院，仍被任命为院长。按照军管会的指示，林竟成大力扩充医院病床，改革规章制度，积极培养医务骨干人员，门诊及住院病人人数大量增加。他主动在同济大学附属中美医院开设专门病区，设病床40多张，并派著名骨科专家屠开元为首的外科医疗组专门负责解放军重伤员的治疗。还为20军防治疾病和挑选重伤员到医院治疗，受到该军领导来信表扬。
当时华东军区卫生部副部长李振湘请林竟成召集留沪前国防医学院教官在附属中美医院开会，希望他们回到上海江湾军医大学任教，林竟成出色的完成了任务并受到嘉奖，还兼任了上海军医大学的顾问。
上海解放后不久，驻扎在上海周边郊区的解放军部队开始出现大规模的血吸虫病疫情，严重影响了部队的战斗力。1950年1月，由有关专家和医务人员1400多人组成的血吸虫病防治大队开始赴海盐、嘉兴、嘉定、青浦、宝山、太仓等重点地区防治血吸虫病。时任上海市市长陈毅亲自为《血吸虫病防治手册》题写书名，从而揭开了上海市开展大规模血防工作的序幕。作为公共卫生学教授兼中美医院院长，林竟成亲自带领由医学院教授、医生、学生共计262人组成的“防治上海郊区日本血吸虫病大队第二中队”来到太仓，为驻扎于此准备解放台湾的人民解放军防治日本血吸虫病。
1950年8月，作为新中国医疗卫生界的先进代表，林竟成应邀到北京参加了第一次全国卫生会议，并在中南海怀仁堂受到了毛泽东主席和周恩来总理的亲切接见。
1950年6月，朝鲜战争爆发。当年10月25日，中国人民志愿军应朝鲜请求赴朝参战，全国范围内掀起了抗美援朝运动。为了支援前线作战，做好后勤卫生保障，上海医务界于12月15日成立了上海市医务工作者抗美援朝委员会，并迅速组织了400余人的抗美援朝医疗手术总队。医疗手术总队分为三个大队，第一大队由同济大学医学院负责，第二大队由上海医学院负责，第三大队由上海市卫生局系统各医院组成。当时林竟成积极响应党的号召，第一个报名参加抗美援朝，并任医疗手术总队副队长兼第一大队队长。中美医院的陶恒乐、张涤生、汪力任副大队长，内科顾问陶恒乐、外科顾问裘法祖、面颌外科顾问张涤生、眼科顾问吉民生等均在其中。林竟成不顾自己腰部不久前曾施行腰椎吻术，迅速率队到长春军医大学为志愿军重伤病员医疗疾病及开展教学工作，第一手术大队荣立三等功，他本人也立了三等功。